过去——被称为融合症例的少女，在世界行将终焉之际抓住了奇迹，完成了与永恒之枪Symphogear的适合。
以地球灵长存续之名所执行的人类淘汰——人称“Frontier事变”的一连串骚乱，在以歌连通血脉的少女们的活跃之下画上了终止符，然而新的故事在那之后不久便拉开了帷幕。
将亚宇宙撕开一条弧线的超音速坠落物体。那是，在拉格朗日点的大气圈外结束了活动，准备回归地球的联合国所属的航天飞机。
航天飞机陷入系统故障引起的机能不全，这样下去的话，机体空中分解或是撞击地表将不可避免，面对这一紧急事态，各国领导只是在惊慌失措。
曾经两次将世界从前所未有的危机当中拯救出来的Symphogear装者们，由于其力量被视作日本政府保有的军备，即使是人道的救护支援，在国外的活动也无从实现，只得万不得已地待机。
那之后经过了100多天。
Frontier事变以来，被认定的特异灾害“Noise”再未被观测到，就在知道事件始末的人们都预感到Noise的根绝和受害的停止之时。
在本部观测监视器的藤尧朔也和友里葵，确认到了与Noise不同、但近似的反应波形。
地点是横滨港大栈桥码头附近。
在那里，怀抱小小的盒子，如同逃跑一般奔驰的黑衣——“废弃物11号（Elfnein）”的身影被发现。
存在着，毁灭世界的歌曲。
现在，尚无人发觉即将来临的威胁，在夏季的夜空下，有的只是舞动的红色粉尘。