故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行NS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中

主要角色

藤木游作（配音：石毛翔弥/大室佳奈(幼年)）

本作男主角。16岁，高中一年级生。

因十年前的特经历失去了重要的记忆，患有创伤后应激障碍。

拥有后天锻炼出的Link Sense（链接感知）能力，在现实世界中也能感觉到网络世界的气息。

LOST事件的六个当事人之一，暗之伊格尼斯的原型。为了寻找过去发生事件的真相，一直在追踪着汉诺骑士。多次被卷入与伊格尼斯相关的事件当中，在知道伊格尼斯真相的同时仍然坚持伊格尼斯与人类和平共存的观念。

组织核心（Playmaker）

游作在连接境智网的ID形象。曾用的用户名是Unknown。

在连接境智网中名声广泛但踪影飘忽的决斗者，独自一人与汉诺骑士对抗。粉碎了汉诺骑士的多次行动，拯救了连接境智网的英雄人物而受到极大关注。

艾/Ai（暗之伊格尼斯）（配音：樱井孝宏）

LOST事件中结合藤木游作数据而诞生的具有意识的人工智能，被称为暗之伊格尼斯。Ai是游作起的昵称。

性格很爱唠叨，老被游作训斥，但认同了游作的强处并感受到友谊。

曾把电子界世界隐藏到网络内，被左轮用破解龙吞噬得只剩下一个眼球后，并丢失大部分记忆，被游作捕获后两人联手作战。不断被汉诺骑士、SOL技术公司与赏金猎人追捕。

掌握所有事件线索的关键存在。

穗村尊（配音:梶裕贵/稻濑葵(幼年)）

主要角色之一。高中生，是藤木游作的同学与战友。

LOST事件的六个当事人之一，炎之伊格尼斯的原型。曾因为LOST事件造成的伤痛而变得消极，但在青梅竹马的鼓励下一步步战胜阴影。对同样遭受LOST事件伤痛却坚强面对命运的藤木游作心怀憧憬。

与伊格尼斯之一的不灵梦共同行动。

焚魂烈火（Soulburner）

连接境智网的ID形象，以熊熊燃烧的火焰为形象特征。

不灵梦/Flame（炎之伊格尼斯）（配音:八代拓）

LOST事件中结合穗村尊数据而诞生的具有意识的人工智能，被称为炎之伊格尼斯。「不灵梦」是自己根据Flame的谐音而起。

很喜欢不灵梦这名字而时常把名字由来「不屈的灵魂，不是梦」挂在嘴边。

有时也对尊说教，但却是一位好搭档。

希望人类与伊格尼斯和平共处。

草薙仁（配音：铃木崚汰（幼年））

草薙翔一的弟弟。

LOST事件的六个当事人之一，光之伊格尼斯的原型。

由于LOST事件带来的伤痛长年是自闭状态。

汉诺塔事件后被光之伊格尼斯指使的鲍曼夺走了意识数据，意识被光之伊格尼斯操控。

财前葵（配音：中岛由贵）

本作女主角，16岁。游作的同级同学，财前晃的妹妹，学校里举止稳重尽可能不引人注目。对他人虽然态度冷淡，对待哥哥却是老实顺从。

在VRAINS中作为决斗偶像活跃着。实际目的只是为了得到哥哥的认同。

与水之伊格尼斯有着奇妙因缘。

蓝色天使（Blue Angel）

财前葵在连接境智网的ID形象。拥有火爆人气的偶像决斗者。

经常对关注她的人尽力地表现出如偶像般可爱的姿容，使用淘气仙星卡组变幻自如，善于把粉丝的心牢牢抓住的领袖决斗者。

蓝色少女（Blue Girl）

财前葵在连接境智网的另外一个ID形象。这个形象用于掩饰身份进行哥哥交托的任务。

蓝色淑女（Blue Maiden）

财前葵的新形象。搭档是水之伊格尼斯。

鬼冢豪（配音：滨野大辉）

19岁。力量派领袖决斗者。

出身于孤儿院，不时会把决斗赢得的奖金对收养设施进行资助，喜欢小孩子，是孩子们眼中的英雄人物。

Go鬼冢（Go鬼冢）

鬼冢豪在连接境智网里的ID形象与账号名。形象和现实中高度相似。

为了维护正义会挺身而出，受人尊敬的领袖决斗者。

使用「刚鬼」卡组。

Go鬼冢（Go鬼冢）

转行做了赏金猎人的前克里斯马决斗者。为了追求力量变得不择手段。

使用「恐龙摔跤手」卡组。

草薙翔一（配音：木村昴）

在市内经营流动热狗店。游作信赖的好友和主要后勤支援。

多年来不断追查弟弟草薙仁遭受不幸的事件的经过，以为此契机和游作联手行动，靠拿手的黑客技术支援游作。