柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

角色介绍

江户川柯南

演员 高山南（配音）

主人公。虽然外貌是小学生，但其真实身份是有名的高中生侦探工藤新一。被灌下黑衣组织开发的毒药回到了小学生的模样，但头脑没有改变，借助阿笠博士开发的侦探工具，解决了一个又一个困难案件。喜欢吃柠檬派。生日是5月4日。运动神经超群尤其擅长足球，但是个音痴。戴眼镜只是用来易容的。一直守护着青梅竹马的伙伴毛利兰。

毛利兰

演员 山崎和佳奈（配音）

工藤新一青梅竹马的女同学。与父亲小五郎和柯南3人生活在一起，不知道柯南的真实身份是新一。性格温柔，开朗活泼。在高中里是空手道部的队长，市里空手道比赛的冠军。一直惦记着以解决困难案件为理由而消失的新一，耐心的等着他回来。

毛利小五郎

演员 神谷明（配音）

在米花町开事务所的侦探。小兰的父亲，与妻子妃英理分居中。他虽然很清楚工藤新一是女儿小兰的青梅竹马，但是却完全没有察觉自己被柯南弄晕后解决了很多困难案件。拜其所赐，人称“沉睡的小五郎”。是偶像冲野洋子的铁杆粉丝。

工藤新一

演员 山口胜平（配音）

帝丹高中二年级的学生。拥有卓越推理能力的高中生侦探。人称“平成的福尔摩斯”。足球水平是职业级的。虽与青梅竹马的小兰相互爱慕，但没能表白就被变成了柯南。他决定如果能彻底变回新一，就对小兰表白。

灰原哀

演员 林原惠美（配音）

曾经是黑衣组织的一员名为宫野志保（组织代号为雪莉）。为了逃出组织，自己吃下了APTX4869而导致身体变小。父亲是日本人，母亲是英国人。现在与柯南同样在帝丹小学上学。脱离组织之后，受到阿笠博士的帮助，现在寄宿在博士的家里。

吉田步美

演员 岩居由希子（配音）

帝丹小学1年级的学生。是柯南的同学，也是少年侦探团成员。好奇心旺盛，很喜欢柯南。