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故事发生在虚构的未来世界,彼时,人类因为疏忽和大意而失去了制海权,海洋,成为了人们可望而不可即的所在,盘踞在那里的,是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争,一群名为“舰娘”的女孩子们出现了,在她们的体内,栖息着舰艇之魂,亦是明日呢化身成为各式各样的战舰,为了人类的和平做着不懈的努力。