故事发生在天保14年的江户。当时在老中·水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内政府的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。 在不为世人所知的地下，存在着一个秘秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的蛮社改所，而 实际上则是专门对付各国潜入日本的妖夷，并负责将他们秘密抹杀的政府隐蔽机关。 该组织的头目名为小笠原放三郎，是个醉心于“兰学”，并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行·鸟居耀
人物介绍
龙导往压（CV：藤原启治）：
39岁的“浮民”（笔者注：浮民指在官府没有户籍登记的游民），以前曾是没落武士。现在浴场打工，能纵被称为“汉神”的力量与『妖夷』战斗。
小笠原放三郎（CV：川岛得爱）：
出众的“兰学者”，极力想证明“兰学”的实用性。是研究兰学的组织“蛮社改所”的负责人。但却不得不听从“天保改革”的推行者，保守派鸟居耀藏的差遣，终日挂着一副郁郁不得志的表情。
宰藏（CV：新野美知）：
在歌舞伎小屋生活的奇士，出于继承家业的考虑从小被作为男孩抚养，言行都很男性化。平时以男装示人，变身巫女后用歌舞伎道具与『妖夷』战斗。
阿毕（CV：小山力也）：
体术优秀的奇士，被称作“山民”。样貌打扮相当粗犷，平时可以徒手与『妖夷』战斗，必要时也使用古代兽骨制作的武器……一种将类似石矛的武器捆绑后投掷出的道具。
江户元阀（CV：三木真一郎）：
存在于日比谷地下的神社“前岛圣天”的神主，也是奇士之一。平时以妖艳的女装示人，使用收缴来的根据兰学技术制造的枪械和火炮与『妖夷』战斗。
阿特尔（CV：折笠富美子）：异国女孩，曾在危险时刻唤出『妖夷』，因年幼受到日本武士帮助，而十分向往日本，后到日本，与主角相遇，由于对现实世界不满，一心想去异界，最后在主角帮助下，得以回归。
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《天保异闻 妖奇士》是“土6”档动画，也就是俗称的“黄金全年档”。原作·脚本 会川升 在谈到动画的要点时，会川升表示，加入了时下流行的“男女变装”设定，无论是少女男装还是男子女装都有，怪物『妖夷』的设定力求突破传统不拘一格。另外会川升对“汉字”的痴迷，也让“汉神”以及“汉字战士”（妖奇士）的概念首次出现在日本动画中。所谓“兰学”就是西方人文自然科学知识，与千百年来影响日本的“汉学”，也就是“唐文化”有着极大的不同。
